ในการเลือกตั้งทั่วไป เมื่อวันที่ 2 เมษายน พ.ศ. 2549 พรรคไทยรักไทย ได้คะแนนในระบบบัญชีรายชื่อถึง 18,993,073 เสียง และถูกกล่าวหาว่าจ้างพรรคการเมืองขนาดเล็กลงเลือกตั้ง โดยอ้างว่าพรรคต้องการหลีกเลี่ยงกฎร้อยละ 20 คณะกรรมการการเลือกตั้งจึงตั้งอนุกรรมการมาสอบ ซึ่งผลปรากฏว่ามีมูลทำให้พรรคไทยรักไทยอาจถูกยุบพรรคได้ และกำลังอยู่ในระหว่างการส่งศาลรัฐธรรมนูญตัดสินยุบพรรค

หลังการ รัฐประหาร 2549 ไม่นาน ดร.ทักษิณ ชินวัตร หัวหน้าพรรคไทยรักไทย ซึ่งพำนักอยู่ที่ กรุงลอนดอน ประเทศอังกฤษ ได้ตัดสินใจลาออกจากหัวหน้าพรรค โดยส่งจดหมายซึ่งเขียนด้วยลายมือ โดยได้ชี้แจงสาเหตุถึงการลาออก และขอบคุณสมาชิกพรรคและผู้ให้การสนับสนุน

หลังจากที่หัวหน้าพรรคลาออกไม่นาน ความเคลื่อนไหวของสมาชิกพรรค โดยเฉพาะผู้บริหารพรรค ต่างก็ตัดสินใจลาออก จากกรรมการบริหารพรรค สมาชิกพรรค ทันที มีการฟ้องร้องยุบพรรคไทยรักไทย มีการตรวจสอบเรื่องการทุจริต ซึ่งอาจมีผลทำให้กรรมการบริหารพรรคต้องเว้นวรรคทางการเมืองเป็นเวลา 5 ปี

ในวันที่ 30 พฤษภาคม 2550 ตุลาการรัฐธรรมนูญตัดสินให้ยุบพรรคไทยรักไทย พร้อมเพิกถอนสิทธิการเมืองกรรมการบริหารทั้ง 111 คน เป็นจำนวน 5 ปี เหตุที่เพิกถอนสิทธิเพียง 111 คนใน 119 คน เนื่องจากใน 8 คนที่เหลือมีการลาออกหรือสิ้นสภาพกรรมการฯ ก่อนการกระทำผิด ได้แก่ พระเปรมศักดิ์ เพียยุระ, นายเสนาะ เทียนทอง, นายฐานิสร์ เทียนทอง, นายลิขิต ธีรเวคิน, นายสฤต สันติเมทนีดล, นายประพัฒน์ ปัญญาชาติรักษ์, นายกร ทัพพะรังสี และนางกอบกุล นพอมรบดี อดีต ส.ส.ราชบุรี ที่ถูกยิงเสียชีวิต[3][4]